Muzeja grāmatu un iespieddarbu krājumā glabājas gandrīz 18 000 izdevumi, no kuriem vairāki ir vienīgie eksemplāri Latvijā vai reti visā pasaulē. Krājuma pamatu veido Paula Stradiņa vākums, kuru muzejam nodevuši viņa radinieki, kā arī papildina grāmatu kolekcijas no citu ievērojamu ārstu un zinātnieku personīgajām bibliotēkām gan Latvijā, gan ārzemēs.