Muzeja krājumā ir plaši un daudzveidīgi pārstāvēta farmācijas vēsture, kas nav iedomājama bez medikamentu kolekcijas. Tajā apkopotas gan zāles, kas izgatavotas mazās aptiekās un farmācijas uzņēmumos Latvijā, gan medikamenti, kas ražoti pasaulslavenos farmācijas uzņēmumos Eiropā. Kolekciju veido vairāk nekā 5000 medikamenti, kas radīti un lietoti no 19./20. gadsimtu mijas līdz pat mūsdienām.